Funkčná magnetická rezonancia je založená na zvýšenom prietoku krvi v mozgu v reakcii na zvýšenie neuronálnej aktivity kôry s účinkom zodpovedajúceho stimulu. Mapovanie aktivity mozgu nám umožňuje identifikovať oblasti neurónovej aktivácie, ktoré vznikajú v reakcii na stimuláciu (motorické, senzorické a iné stimuly).