Ľudský papilomavírus predstavuje vážnu hrozbu. Diagnostika je nevyhnutná na určenie kmeňa infekcie a rizika jej onkogénnosti. Takéto informácie nám umožňujú sformulovať najvhodnejší a najúčinnejší liečebný plán.
Diagnostika chlamýdií pomocou PCR je najcitlivejšia a najšpecifickejšia metóda zo všetkých, ktoré sa v súčasnosti používajú v laboratóriách. Citlivosť metódy je 95 – 97 % a špecificita 95 – 98 %.
Mykoplazmy sa považujú za oportúnne patogény. Prežívajú a parazitujú na membránach epitelových buniek a môžu byť lokalizované extra- aj intracelulárne.
PCR umožňuje priamo stanoviť prítomnosť gonokokových DNA a kvantitatívne vyjadriť ich koncentráciu v študovanom materiáli. Študovaným materiálom môže byť spútum, výplach, moč, punkcie z rôznych orgánov a cýst atď.
Diagnostická citlivosť PCR na detekciu Helicobacter pylori v biopsiách žalúdočnej sliznice je 88 – 95,4 %, špecificita je 100 %; v koprofilrátoch 61,4 – 93,7 % a 100 %.
Na rozdiel od sérologických metód diagnostiky tuberkulóznej infekcie, ktoré detekujú protilátky proti Mycobacterium tuberculosis, PCR umožňuje priamu detekciu DNA Mycobacterium tuberculosis a kvantitatívne vyjadrenie ich koncentrácie v testovacom materiáli.
V poslednej dobe sa na diagnostiku herpetickej infekcie používa detekcia DNA HSV 1 a 2 v materiáli z vezikúl a vredov kože alebo slizníc (vrátane spojovky oka) pomocou metódy PCR (veľmi citlivá, špecifická a rýchla diagnostická metóda).
Priame kvantitatívne stanovenie HIV RNA pomocou PCR umožňuje presnejšiu predpoveď rýchlosti progresie ochorenia u HIV-infikovaných jedincov ako stanovenie počtu CD4+ buniek, a teda presnejšie posúdenie ich prežitia. Vysoký počet vírusových častíc zvyčajne koreluje so závažným poškodením imunity a nízkym počtom CD4+ buniek.