Všetky probiotiká sú rozdelené do niekoľkých skupín, v závislosti od toho, čo je základom klasifikácie. Probiotická kompozícia môže obsahovať niekoľko zložiek, v tomto ohľade sú izolované jednokomponentné prípravky, ktoré majú iba jeden špecifický typ baktérií. Tieto mikroorganizmy sú nepochybne užitočné pre črevo, najmä pre mikroflóru.