Stanovenie protilátok proti mikrozomálnej frakcii štítnej žľazy sa používa na diagnostiku autoimunitnej tyroiditídy a hypotyreózy, pri ktorých sa zvyšuje hladina protilátok v krvi. Protilátky proti štítnym mikrozómom tvoria imunitné komplexy na bunkovom povrchu, aktivujú komplement a cytotoxické lymfocyty, čo vedie k bunkovej deštrukcii a vzniku zápalového procesu v štítnej žľaze.