Stanovenie protilátok proti mikrozomálnej frakcii štítnej žľazy sa používa na diagnostiku autoimunitnej tyreoiditídy a hypotyreózy, pri ktorých sa zvyšuje hladina protilátok v krvi. Protilátky proti mikrozómom štítnej žľazy tvoria imunitné komplexy na povrchu buniek, aktivujú komplement a cytotoxické lymfocyty, čo vedie k deštrukcii buniek a vzniku zápalového procesu v štítnej žľaze.