Kmeň mozgu je rozšírenie miechy v smere rastral. Podmienená hranica medzi nimi je miesto, kde prichádzajú prvé krčné korene a kríž pyramíd. Kmeň je rozdelený na zadné a stredné mozgy. Prvý zahŕňa medulla oblongata, mozgový most a mozoček. Jedná sa o pokračovanie stredného mozgu, ktorý sa skladá z mozgu a nohy quadrigemina a hraničí s medzimozgu (talamus, hypotalamus, subthalamus).