Príčinný činiteľ vírusovej encefalitídy pochádzajúcej z kliešťov patrí do rodu Flaviviruses. Virión má guľovitý tvar, priemer 40-50 nm, obsahuje RNA, dobre sa rozmnožuje v mnohých tkanivových kultúrach. Z laboratórnych zvierat sú biele myši, škrečky, opice, bavlnené potkany veľmi citlivé na vírus. Vnímavý na vírus encefalitídy pochádzajúci z kliešťov a mnoho domácich zvierat.