Menštruačný cyklus odráža aktivitu hypotalamus-hypofýza-vaječníkov, ktorá je zobrazená štrukturálne a funkčné zmeny v reprodukčnom trakte: maternice, vajcovodov, endometria, vagíny. Každý cyklus končí menštruačným krvácaním, ktorého prvý deň sa považuje za začiatok cyklu.