Najčastejšie pseudomembranózna kolitída sa vyvíja pod vplyvom dlhodobého užívania antibiotík ampicilínu, linkomycín, klinda-mitsina, cefalosporíny, najmenej - penicilín, erytromycín, chloramfenikol, tetracyklín. Clostridium difficile - sporulujúce grampozitívne anaeróbne bacil, ktorý je schopný produkovať dva typy exotoxíny toxínu A a toxínu B existujú štyri hlavné dôvody pre rozvoj pseudomembranóznej kolitídy spojenej s C. Difficile.