Určenie pôvodcu je rozhodujúce pre potvrdenie diagnózy pneumocystózy. Základným materiálom pre štúdium - spúta, bronchiálnej sekrécie, premytie získané premytím priedušiek alebo bronchoalveolárnej laváž, pľúcne tkanivo plátky zhotovená transbronchiální, perkutánna alebo otvorené biopsiu. Najčastejšie v dôsledku vážneho stavu pacienta sa tieto manipulácie nevykonávajú, aby sa predišlo komplikáciám.