Znepokojení týmito príznakmi kliešťovej encefalitídy pacienti zahrňujú bolesti hlavy, slabosť, malátnosť, triaška, návaly tepla, potenie, nevoľnosť, bolesť v očnej buľvy, a svetloplachosť, nechutenstvo, bolesti svalov, kostí, chrbtice, v horných a dolných končatinách , spodnej časti chrbta, krku a kĺbov.