Hlavnou hodnotou pre diagnózu poškodenia obličiek pri infekčnej endokarditíde je echokardiografia, pri ktorej je zistená vegetácia na srdcových chlopniach. V prípade spornej výsledky transtorakální echokardiografiou (citlivosť metódy, pokiaľ ide o vegetačné diagnóze je 65%), je nutné, aby pažerákovou echokardiografia (citlivosť sa rovná 85-90%).