V niektorých prípadoch, častejšie u žien, začína akútna pyelonefritída akútnou cystitídou (časté a bolestivé močenie, bolesť močového mechúra, terminálna hematúria). Ďalšie príznaky akútnej myelonefritídy: celková únava, slabosť, svalové a bolesti hlavy, strata chuti do jedla, nevoľnosť, vracanie.