Liečba mozgových abscesov môže byť konzervatívna a chirurgická. Spôsob liečby závisí predovšetkým od štádia vývoja abscesu, jeho veľkosti a lokalizácie. V štádiu vzniku encefalitického zamerania (trvanie anamnézy je až 2 týždne), ako aj pri malých abscesoch (<3 cm v priemere) je indikovaná konzervatívna liečba.